Nel giugno 1944, i tedeschi trasformarono Stutthof da un campo di prigionia a un campo di concentramento. Più di 50.000 ebrei vi furono deportati, soprattutto donne da Polonia, Ungheria e dai paesi Baltici. La grande maggioranza di essi morì in circostanze terribili. 

Quando l’esercito sovietico raggiunse i territori della Polonia orientale nel luglio 1944, ebrei dal campo di concentramento di Lublino (Majdanek) furono deportati a Stutthof. Quell’estate anche 23.600 prigionieri di Auschwitz – principalmente donne dall’Ungheria – e 10.000 ebrei dal ghetto di Kovno (Kaunas) arrivarono a Stutthof. Deportazioni ancora più numerose iniziarono nell’agosto 1944 dai campi e dai ghetti dei paesi Baltici, e specialmente da Riga, Vilnius e Kaunas. Per comparare i numeri: nel giugno 1944, solo il 3% dei 37.600 prigionieri erano ebrei. Alla fine dell’anno, quasi 50.000 ebrei furono deportati a Stutthof, il 98% dei quali donne, rendendoli il più numeroso gruppo di prigionieri del campo. 

Stutthof divenne molto affollato. Le condizioni di vita deteriorarono velocemente. Gli ebrei furono separati e isolati dagli altri prigionieri. Vivevano in condizioni primitive in baracche sovraffollate, in mancanza di strutture sanitarie di base. Le razioni di cibo erano incredibilmente piccole. Una camera a gas fu installata per uccidere gruppi dai 25 ai 30 ebrei alla volta. Nel gennaio 1945, circa 9.400 ebrei erano già stati uccisi. Ma gli ultimi mesi furono i più terribili. Dopo la prima marcia della morte in gennaio, circa 7.000 donne ebree furono lasciate a Stutthof, e solo 1500 di esse sopravvissero alla guerra, in parte come risultato delle marce della morte.