W czerwcu 1944 r. Niemcy przekształcili Stutthof z obozu jenieckiego na koncentracyjny. Wywieziono tam ponad 50.000 Żydów, głównie kobiet, z Polski, Węgier i państw bałtyckich. Ogromna większość zmarła w potwornych okolicznościach.

Kiedy w czerwcu 1944 r. Armia Sowiecka dotarła do wschodnich terenów polskich, Żydów z obozu koncentracyjnego w Lublinie (Majdanek) przewieziono do Stutthofu. Tego samego lata do Stutthofu wywieziono też 23.600 więźniów żydowskich z Auschwitz – głównie kobiet z Węgier – oraz 10.000 Żydów z getta w Kownie. Jeszcze większe transporty uruchomiono w sierpniu 1944 r. z obozów i gett w państwach bałtyckich, szczególnie z Rygi, Wilna i Kowna. Oto kilka orientacyjnych liczb: w czerwcu 1944 r. zaledwie 3% z 37.600 więźniów obozu było narodowości żydowskiej. Pod koniec tego roku do Stutthofu przywieziono niemal 50.000 Żydów, z czego 98% stanowiły kobiety. W ten sposób Żydzi stali się największą grupą więźniów obozu.

Stutthof przepełnił się. Warunki bytowe szybko się pogarszały. Żydów oddzielono i odizolowano od pozostałych więźniów. Żyli w prymitywnych warunkach, w zatłoczonych barakach pozbawionych nawet prymitywnych urządzeń sanitarnych. Racje żywnościowe były absurdalnie małe. Zainstalowano komorę gazową, mieszczącą 25 do 30 osób na raz. Do stycznia 1945 r. wymordowano już około 9.400 Żydów. Najstraszniejsze były jednak ostatnie miesiące. Po pierwszym marszu śmierci w styczniu, w Stutthofie pozostało około 7.000 kobiet żydowskich. Wojnę przetrwało zaledwie 1500, czego częściową przyczyną były marsze śmierci.