Das Berliner Unterwelten Museum ist in einem ehemaligen Luftschutzbunker in der U-Bahn-Station Gesundbrunnen untergebracht und steht seit 1999 unter Denkmalschutz. Bei Führungen können Besucher die Bunker des ehemaligen Regierungsviertels, Kriegstrümmer und archäologische Funde aus dem Zweiten Weltkrieg besichtigen. Die Ausstellung widmet sich auch dem schwierigen Thema militärischer Bauwerke und ihres Schutzes als Denkmäler.

An anderen Orten der Stadt bietet Berliner Unterwelten auch geführte Touren durch ansonsten nicht zugängliche Gebäude an – z. B. durch die Flakturmruine im Volkspark Humboldthain, eine der größten Bunkeranlagen Berlins. Sie hat eine Seitenlänge von 70 x 70 Meter und eine Höhe von 42 Meter und entstand nach einer Anordnung Adolf Hitlers im September 1940, die die Planung und den Bau von Flaktürmen vorsah. Ausgestattet mit schweren Flakgeschützen, sollten sie den Berliner Innenstadtbereich vor Bombenangriffen schützen.

Bei den Touren des »Mutter-Kind-Bunkers« im ehemaligen Gasometer in der Kreuzberger Fichtestraße werden Besucher auch über die Luftangriffe auf Berlin während des Krieges informiert. 1940 wurde ein sechs Stockwerke hoher Bunker mit einer drei Meter starken Decke in den ehemaligen Gasometer eingebaut. Während der Bombennächte bot er zunächst 6.500 Müttern und Kindern einen sicheren Schlafplatz, aber später drängten sich bis zu 30.000 Menschen in seinem Inneren.

Die Dauerausstellung »Mythos Germania – Vision und Verbrechen« widmet sich der von den Nazis geplanten Neugestaltung Berlins und den dafür begangenen Verbrechen: Vertreibung, Deportation und Zwangsarbeit.

Im November 2006 erhielt der Verein die »Silberne Halbkugel« für seine Verdienste im Denkmalschutz – die höchste Auszeichnung, die in diesem Bereich in der Bundesrepublik Deutschland vergeben wird.