Da die sowjetische Armee im Januar 1945 bis auf 50 Kilometer an Stutthof herangerückt war, beschlossen die Deutschen, das Lager und seine Außenlager zu evakuieren. Am 25. Januar 1945 mussten etwa 37.000 Insassen nach einem um vier Uhr abgehaltenen Morgenappell das Hauptlager verlassen. Sie liefen eine Woche lang zu Lagern westlich von Danzig. Im eiskalten Winter und nahezu ohne Verpflegung starben viele vor schierer Erschöpfung. Wer nicht mehr mithalten konnte, wurde von den deutschen Wachmannschaften getötet. Auch in ihren neuen Lagern litten die Evakuierten unter Hunger und Krankheiten. Während dieser Todesmärsche starben etwa 20.000 Menschen. Ungefähr 5.000 Insassen der Außenlager von Stutthof trieb man an die Ostseeküste. Dort wurden sie gezwungen, ins eiskalte Wasser zu laufen, wo sie im Maschinengewehrfeuer umkamen.

Etwa 12.000 Gefangene wurden in Stutthof zurückgelassen, wo eine Typhusepidemie wütete. Am 25. und 27. April 1945 begann eine weitere Evakuierung, diesmal über das Meer nach Flensburg und Lübeck. Die Hälfte der Evakuierten starb auf dem Transport. Ihre nackten Körper wurden in die Ostsee geworfen. Als die Gefangenen in Lübeck eintrafen, wurden sie von den örtlichen deutschen Behörden daran gehindert, an Land zu gehen. Fast alle wurden getötet. Etwa 7.000 Gefangene verloren ihr Leben.

Als die Rote Armee am 9. Mai 1945 das Lager Stutthof befreite, fand sie nur 140 überlebende Häftlinge vor.