En janvier 1945, la plupart des prisonniers du camp principal de Stutthof furent contraints de marcher jusqu’à Dantzig, et même au-delà. 13 000 prisonniers venant de différents sous-camps furent quant à eux envoyés à l’est, vers Königsberg, pour ce qui semblait alors s’apparenter aussi à une marche de la mort. Cette marche se termina toutefois par un massacre particulièrement violent sur la plage de Palmnicken.

En janvier 1945, à l’approche de l’armée soviétique, 13 000 prisonniers venant des sous-camps situés à Heiligenbeil (aujourd’hui devenue Mamonowo), Jesau (Juschny), Seerappen (Ljublino) et Schippenbeil (Sępopol), furent contraints de marcher en direction de Königsberg (Kaliningrad). Parmi eux se trouvaient principalement des femmes juives en provenance de Pologne et de Hongrie. Cependant, la ville de Königsberg ayant déjà été assiégée par l’Armée rouge, les prisonniers furent dirigés plus loin, jusqu’à Palmnicken (devenue aujourd’hui Yantarny). Seuls 3 000 prisonniers atteignirent la ville, le reste d’entre eux ayant péri durant les marches. Les routes en direction de Palmnicken étaient parsemées de cadavres.

Les Allemands prévoyaient de murer les femmes restantes dans le tunnel d’une mine d’ambre, mais le commandant du Volkssturm, Hans Feyerabend, refusa. Les SS et la plupart des habitants de la ville insistèrent toutefois pour qu’on se débarrasse des prisonniers. Lorsqu’il réalisa qu’il ne pourrait pas sauver ces femmes, Hans Feyerabend mit fin à ses jours. Les 3 000 prisonniers furent ensuite emmenés sur une plage située à proximité, où ils furent contraints de marcher dans l’eau glaciale, avant d’être presque tous fusillés. Il ne fut dès lors pas possible pour les meurtriers de dissimuler leur crime, puisque les corps vinrent s’échouer sur le rivage sur une large bande du littoral. Moins de 200 femmes survécurent à ce massacre, et seules 15 d’entre elles survécurent à la guerre. Dix semaines plus tard, les Soviétiques, dont le commandant était un Russe d’origine juive, forcèrent les habitants allemands de Palmnicken à enterrer les corps. Le massacre de Palmnicken est l’un des derniers massacres de Juifs durant la Seconde guerre mondiale.