Muzeum Historyczne Miasta Krakowa zostało niezależną instytucją w 1945 roku. Fabryka Emalia Oskara Schindlera oraz Apteka pod Orłem to dwa oddziały muzeum przedstawiające wystawy związane z II wojną światową, odpowiednio „Kraków – czas okupacji 1939 – 1945” oraz „Apteka Tadeusza Pankiewicza w getcie krakowskim”.