In de vroege ochtend van 10 mei 1940 viel Duitsland Nederland binnen. De ´Slag om de Residentie´ had als doel de vliegvelden en de stad te veroveren en de Koningin en het kabinet gevangen te nemen. Door heftig verzet, met o.a. George Maduro als verzetsstrijder mislukte dit deel van de Duitse aanval op Nederland. De euforie over deze overwinning was echter van korte duur toen Nederland alsnog bezet werd. Koningin Wilhelmina vluchtte met haar gezin en regering, naar Engeland. Den Haag, met het Binnenhof en het Plein, werd het centrum van het Duitse bestuur van Nederland. De Duitse rijkscommissaris, dr. Arthur Seyss Inquart, betrok het logement van Rotterdam (Plein 4).
In 1943 werd begonnen met de aanleg van de Duitse kustverdediging: de Atlantikwall. Deze tankgracht door grote delen van Den Haag en Scheveningen liet een spoor van vernieling na. De gruwelen van de oorlog bleven ook Den Haag niet gespaard. De op een na grootste Joodse gemeenschap in Nederland werd bijna volledig uitgemoord, ook de Sinti en Roma werden naar Auschwitz gedeporteerd en kwamen bijna allemaal niet meer terug.
Engelandvaarders waagden via Den Haag de oversteek naar Engeland. Een van de bekendste onder hen ´Soldaat van Oranje´, Erik Hazelhoff Roelzema. Werd je opgepakt in het verzet, dan was het Oranjehotel de plek waar de Duitsers een oordeel velden. Ter dood veroordeelde gevangenen werden geëxecuteerd op de Waalsdorpervlakte.
In het najaar van 1944 was er in Den Haag sprake van hongersnood. Alleen al in 1945 kwamen ongeveer 2.100 mensen om van de honger. In 1944 startten de Duitsers ook met een nieuw wapen: de V2, de eerste onbemande geleide ballistische raket. Een poging van de geallieerden om deze V2 raketten te vernietigen mislukte rampzalig en een grootscheeps bombardement op 3 maart 1945, kwam terecht in de woonwijk Bezuidenhout.
Op zaterdag 5 mei 1945 capituleerden de Duitsers. Maar op 8 mei volgde de officiële intocht van de geallieerden in Den Haag, met op kop de in het First Canadian Corps opgenomen eenheden van de Koninklijke Nederlandse Brigade ‘Prinses Irene’, een Nederlands legeronderdeel dat meevocht met de geallieerden. Koningin Wilhelmina keerde op 6 juli 1945 terug naar Den Haag.
