W czasie swych dziejów w Areszcie w Gdańsku przebywali więźniowie kryminalni i polityczni. Po zlikwidowaniu Wolnego Miasta Gdańska przez nazistów w roku 1939 trafiali do niego intelektualiści, demokraci, bojownicy ruchu oporu i Żydzi. Wielu z nich trafiło następnie do Piaśnicy czy Szpęgawska, gdzie zostali straceni.

W roku 1851 przy budynku sądu miejskiego w Gdańsku wzniesiono budynki aresztu. W latach 1900-1910 trafiali do niego też więźniowie polityczni, w tym polski bojownik o wolność i mąż stanu Józef Piłsudski. W roku 1933 władzę w Gdańsku przejęli naziści. Niemiecka większość w Gdańsku zwalczała polską mniejszość oraz zwolenników demokracji. Po niemieckiej agresji na Polskę 1 września 1939 r. do aresztu trafiło ponad 800 Polaków z Gdańska i Pomorza; wielu zostało ciężki pobitych. Areszt stał się jednym z miejsc gromadzenia Polaków, którzy mieli zostać zamordowani w miejscach takich jak Piaśnica czy Szpęgawsk. Łącznie podczas wojny przez Areszt przewinęło się ponad 29 tysięcy więźniów. 500 z nich zostąło straconych lub zmarło z powodu złego traktowania.

Po roku 1945 areszt został przejęty przez polskie komunistyczne służby bezpieczeństwa. Wśród więźniów znaleźli się zbrodniarze wojenni tacy jak gauleiter Gdańska Albert Forster, strażnicy obozu koncentracyjnego Stutthof, wśród nich Jenny-Wanda Barkmann, jak również członkowie polskiego antykomunistycznego ruchu oporu. Niektórzy zostali tu straceni, jak Danuta Siedzikówna “Inka”. Komunistyczna tajna policja zachowała dla siebie jeden z oddziałów aresztu aż do swego rozwiązania w roku 1989. Po upadku komunizmu na murze aresztu umieszczono tablice upamiętniające wydarzenia i słynnych więźniów aresztu.